국회에 발의된 포괄적 차별금지법안(의안번호 15945)을 두고 표면적인 평등 실현의 이면에 심각한 역차별과 자유 억압 요소를 내포하고 있다는 비판이 제기되고 있다. 법안이 명시한 차별 금지 사유와 구제 조치들이 대한민국의 전통적 가족 제도와 헌법상 보장된 양심 및 종교의 자유를 위협할 수 있다는 분석이 나온다.

손솔 의원 등이 발의한 해당 법안은 성별, 성적 지향, 성별 정체성 등을 이유로 한 차별을 금지하는 내용을 골자로 한다. 그러나 법조계와 시민단체 일각에서는 법안의 구체적인 조항들이 사회적 합의가 이루어지지 않은 개념을 법제화하려 한다며 강력히 반발하고 있다.

가장 큰 쟁점은 성별의 정의다. 법안 제2조 제1호와 제5호는 성별을 여성, 남성 외에 분류할 수 없는 성으로 규정하고, 성별 정체성을 자신의 성별에 관한 인식 혹은 표현으로 정의한다. 비판론자들은 이러한 규정이 헌법이 기초한 양성평등의 근간인 생물학적 남녀 구분을 해체할 수 있다고 지적한다. 실제 서구권에서는 생물학적 남성이 여성 전용 공간(화장실, 탈의실 등)을 이용하거나 여성 스포츠 경기에 참여하여 여성의 안전권과 공정성을 침해하는 사례가 발생하고 있어, 국내 도입 시 유사한 사회적 갈등이 우려된다는 것이다.

표현과 종교의 자유 침해 가능성도 주요 비판 대상이다. 법안 제3조는 성별 등을 이유로 적대적, 모욕적 환경을 조성하여 정신적 고통을 주는 행위를 금지 대상인 괴롭힘으로 규정한다. 교계와 법학계 일부에서는 이 조항이 적용될 경우 동성애에 대한 종교적 비판이나 전통적인 결혼관을 교육하는 행위가 법적 제재를 받을 수 있다고 우려한다. 정신적 고통이라는 주관적 기준에 따라 설교나 건전한 비판이 혐오 표현으로 매도될 위험이 있다는 것이다.

교육 현장의 이념 편향성 문제도 제기된다. 법안 제37조에 따라 교육기관에서 동성애나 성전환의 보건적, 윤리적 문제점을 가르치는 것이 제한될 수 있으며, 가치관이 정립되지 않은 아동·청소년에게 특정 성 이데올로기를 주입해 교육의 정치적 중립성을 훼손하고 학부모의 교육권을 침해할 소지가 다분하다는 지적이다.

법리적 측면에서는 입증 책임 전환과 징벌적 손해배상 제도가 독소 조항으로 꼽힌다. 제60조는 차별 행위의 정당성을 피고소인이 입증하도록 규정하여 무죄 추정의 원칙을 흔들고 있으며, 제58조는 악의적 차별에 대해 손해액의 3배 이상 5배 이하의 배상 책임을 부과한다. 이는 기업의 채용 및 인사권을 위축시키고, 자영업자나 종교적 신념을 가진 개인에게 파산에 가까운 경제적 타격을 줄 수 있다는 비판을 받는다. 미국 등 해외에서는 종교적 신념에 따라 동성 결혼 관련 서비스를 거부한 자영업자가 막대한 소송 비용을 떠안은 사례가 보고된 바 있다.

반대 측은 해당 법안이 소수자 인권 보호라는 명분을 앞세워 다수의 역차별을 정당화하고 사회의 기초 질서를 무너뜨리는 결과를 초래할 것이라며, 법안의 전면적인 폐기를 촉구하고 있다.